เปิดฉากเกมจะพาคุณย้อนกลับไปเมื่อ 2 ปีก่อนในระหว่างที่ Harry และ Norman กำลังพูดถึงการรักษาโรคด้วยวัตถุสีดำบางอย่าง ซึ่งHarry กลัวว่าวิธีนี้มันอาจไม่ได้ผล แต่ Norman ก็ได้พูดให้กำลังใจ Harry หวังว่าวิธีนี้จะได้ผล แต่ทันใดนั้นเองวัตถุสีดำจากร่างกายของ Norman ก็เข้าไปสู่ร่างกายของ Harry จากนั้น Harry ก็ถูกจับไปรักษาอยู่ในแทงค์น้ำขนาดใหญ่เป็นเวลา 2 ปี
ตัดกลับมาที่เหตุการณ์ปัจจุบัน Miles Morales กำลังกรอกใบสมัคร Emprie State University อยู่ในห้องเรียน แล้วดูเหมือนว่า Miles ยังคิดไม่ตกว่าจะแนะนำตัวในใบสมัครอย่างไรดี ทันใดนั้นเอง Peter Parker ก็โผล่เข้ามาที่ห้องเรียนในฐานะของครูสอนวิชาฟิสิกส์ สอนได้ไม่ทันไร Sandman ก็ออกมาอาละวาดจนวุ่นวายไปทั่วทั้งเมือง
เมื่อเหตุการณ์มันเป็นเช่นนี้ ก็เป็นหน้าที่ของฮีโร่อย่าง Peter และ Miles ที่จะต้องรีบเปลี่ยนชุดและออกไปลุยกับ Sandman จากข้อมูลทีาได้มาจาก MJ นั้นทำให้ตอนนี้เราเข้าใจว่า Flint Marko วิ่งตรงมายัง Boardway ด้วยอาการคุ้มคลั่งบางอย่าง ทั้งโกรธและหวาดระแวง ไม่ว่าเหตุผลของ Sandman จะคืออะไร สไปดี้ทั้ง 2 คนต้องจะไปหยุดยั้งเขาให้จงได้ การต่อสู้ค่อนข้างดุเดือดไม่มีใครยอมใคร จนพบว่าน้ำคือจุดอ่อนของ Sandman สไปดี้ทั้ง 2 เลยพยายามหาแท็งค์น้ำที่อยู่ตามตึกมาจัดการกับ Sandman ทำให้สไปดี้สามารถสยบ Sandman ลงได้ด้วยการทำงานอย่างเป็นทีมเวิร์คและความช่วยเหลือของ Ganke
สุดท้าย Sandman ก็ถูกจับแล้วกำลังถูกขนย้ายไปที่เรือนจำ Raft ก่อนที่จะถูกขนย้าย Marko ก็ได้บอกกับ Spider-Man ถึงเรื่องที่เขากำลังกังวลอยู่มานาน รวมถึงพูดเรื่องแปลก ๆ เหมือนมีใครบางคนกำลังมาหา Spider-Man อยู่ยังไงยังงั้น เกมตัดภาพย้อนกลับไปเมื่อ 6 เดือนก่อนซึ่งเป็นช่วงที่ Kraven กำลังล่าใครบางคนอยู่ในป่า แต่การล่ามันช่างน่าเบื่อซะจน Kraven ไม่ค่อยพอใจเท่าไร เขาต้องการหาคู่ต่อสู้ที่มันสมน้ำสมเนื้อกันสักหน่อย จากนั้นลูกน้องในกลุ่มก็นำแผนที่มาให้ kraven ดูเพื่อดูสถานที่ล่าแห่งใหม่ นั่นก็คือนิวยอร์คนั่นเอง แล้วจากเป้าหมายที่เราได้เห็นดูเหมือนว่าจะมีตัวละครหลายตัวเลยทีเดียวไม่ว่าจะเป็น Sandman, Spider-Man, Taskmaster, Black Cat, Prowler, Wraith, tombstone, Vulture, Lizard, Shocker และวายร้ายอีกหลายคนที่อยู่ในเรือนจำ Raft นี่ก็คือจุดเริ่มต้นทั้งหมดใน Marvel’s Spider 2 นั่นเอง
กลับมาที่นิวยอร์คในปัจจุบันหลังจากเมืองโดน Sandman ถล่ม Peter และ Miles ก็ออกช่วยเหลือผู้ประสบภัยทุกคนในเมือง ตอนนี้การติดต่อสื่อสารทั้งเมืองล่ม แอปพลิเคชันสำหรับใช้ช่วยเหลือผู้คนก็ใช้ไม่ได้แต่ Genke ก็ช่วยแก้ไขปัญหานี้จนได้ ระหว่างที่ Miles กำลังไปช่วยผู้คนก็พบเข้ากับคริสตัลสีส้มที่บรรจุความทรงจำของ Sandman กระจายอยู่ทั่วทั้งเมือง ซึ่งข้อมูลตรงนี้ก็จะทำให้ Peter และ Miles รู้เรื่องราวที่เกิดขึ้นกับ Sandman มากขึ้น และเมื่อพวกเขาออกช่วยคนไปเรื่อย ๆ ก็ดันเจอเข้ากับ J. Jonah Jameson ที่กำลังซวยอยู่ Miles ก็เลยหาทางพาเขาไปส่งที่โรงพยาบาลสุดท้ายก็โดนด่าตามเคย
เมื่อจบงานนี้ Peter และ Miles ก็ต้องรีบกลับไปทีโรงเรียนทันทีเพราะ Peter ทิ้งการสอนนักเรียนในคาบฟิสิกส์ของเขาในที่สุด แต่ทุกคนที่รู้ว่า Peter Parker คือสไปเดอร์แมน เช่น Mile ก็เข้าใจดีว่าการเป็นฮีโร่ปกป้องผู้คนในเมืองไปพร้อม ๆ กับการรับผิดชอบในงานที่ทำอยู่ไม่ใช่เรื่องง่าย จึงโทรมาให้กำลังใจ Peter และแนะนำงานเป็นช่างภาพถ่ายรูปให้ Robbie Robertson คนที่เคยทำงานด้วยกันที่ Daily Bugle หาเงินใช้ไปพลาง ๆ ก่อน ระหว่างนี้ Peter ก็ออกไปถ่ายภาพตามที่ Miles แนะนำมา
จากนั้น Peter ก็เตรียมเดินทางกลับไปที่บ้านเพื่อพบกับ MJ พอทั้งคู่กับกับที่บ้าน Peter ก็เล่าให้ MJฟังว่าเขาถูกไล่ออกจากการเป็นครูที่โรงเรียนแล้ว MJ ก็กำลังจะซวยเหมือนกันเพราะ หากใครเขียนข่าวแล้วไม่ได้ขึ้นหน้าแรกจะถูกไล่ออกแต่ Peter ก็มั่นใจว่า MJ นั้นทำได้อยู่แล้ว ช่วงนี้ก็เป็นช่วงที่ทั้ง 2 คนจะได้ใช้เวลาจัดการเรื่องต่าง ๆ ภายในบ้าน พร้อมทั้งลำลึกความหลังระหว่างป้าเมย์ ในขณะนั้นเอง MJ ได้ข่าวมาว่า Raft เตรียมย้ายนักโทษไป Ravencroft พรุ่งนี้เช้าเพื่อประเมินนักโทษ MJ เลยรีบออกไปหาข่าว เมื่อเปิดประตูออกไปนอกบ้านก็พบเข้ากับ Harry เพื่อนซี้ของ Peter ที่ป่วยด้วยโรคร้ายบางอย่างแต่รักษาหายแล้ว MJ ก็เลยชวน Harry ไป Coney Island วันพรุ่งนี้จากนั้น MJ ก็รีบไปทำงาน
ส่วน Harry ก็ชวน Peter ขี่จักรยานไปโรงเรียน Mid Town High เพื่อรำลึกความหลังสักหน่อย ในระหว่างนี้เกมก็จะเล่าเรื่องในของทั้ง 2 คนด้วย ทำให้เราเห็นช่วงที่ Norman มาบอกว่าแม่ของ Harry เสียแล้วจากโรคร้าย ตัดกลับมาที่ปัจจุบันจริง ๆ แล้ว Harry มีเซอร์ไพร์สให้กับ Peter นั่นก็คือบัตร Peter Parker ที่เป็นผู้ร่วมก่อตั้งมูลนิธิ Emily-May จากที่เข้าใจมูลนิธินี้มีไว้เพื่อทำให้โลกดีขึ้นจากนั้น Harry ก็ชวน Peter ไปดูแล็บพรุ่งนี้เพราะว่ามีไอเดียบางอย่างที่อยากจะคุยกับ Peter
และแล้วก็ถึงวันที่เรือนจำ Raft กำลังขนย้ายนักโทษไปที่ Ravencroft ในขณะที่ Miles กำลังเขียนแนะนำตัวเองในใบสมัครเข้ามหาวิทยาลัย Peter ก็โทรตามให้ Miles ไปทำภารกิจคุ้มกันนักโทษด้วยกัน ในระหว่างนั้น Rio แม่ของ Miles ก็เผยความจริงกับ Miles ว่าช่วงนี้ที่เลิกงานเรทจริง ๆ แล้วไม่ได้ทำงานเรทแต่ไปเดทกับใครบางคนมา ถึงแม้จะเจอกันไม่กี่ครั้งแต่ทุกอย่างกำลังไปได้ดี ซึ่ง Miles ก็เข้าใจดี
อย่างไรก็ตามตอนนี้ Miles ต้องไปเรือนจำ Raft จากนั้น Peter โทรมาบอกข้อมูลที่ได้จาก MJ ว่านักโทษที่จะถูกย้ายไป Ravencroft ก็คือ Scorpion เมื่อ Miles เดินทางไปถึงเรือนจำ Raft ก็พบว่านักโทษอีกคนที่ถูกย้ายไปด้วยก็คือ Mr.Negative หรือ Martin Li ศัตรูที่ฆ่าพ่อของ Miles ตอนนี้ดูเหมือนว่า Miles กำลังโกรธอยู่
ในระหว่างการขนย้ายนักโทษก็มีกองกำลังลึกลับบุกเข้าโจมตีเรือขนย้าย Peter และ Miles ต่อสู้อย่างสุดกำลัง แต่เรือถูกฉมวกขนาดยักษ์ยิงเข้าไปที่ท้องเรือทำให้น้ำเข้าสู่ตัวเรือและเรือกำลังจะจม Miles อาสาเข้าไปช่วย Scorpion แต่ก็พลาดท่าโดนพิษของ Scorpion จนได้ ระหว่างที่ Miles กำลังเห็นภาพหลอน Scorpion หนีออกไปจากเรือ หลังจากพิษของ Scorpion เริ่มหมดฤทธิ์ Miles ไปพบเข้ากับห้องขังของ Martin Li แต่ดูเหมือนว่าเขากำลังสองจิตสองใจ จะช่วยหรือไม่ช่วยดี ทันใดนั้นเอง Martin Li ก็ถูกนำตัวไป Miles ที่พยามยามดึงตัว Li กลับมา Peter กำลังช่วยผู้คนอยู่แต่ดูเหมือนว่าจะไม่ไหวเลยเรียกให้ Miles มาช่วยกันหน่อยแต่ตอนนี Miles สนใจแต่ Li แค่นั้น สุดท้าย Miles ก็ยอมปล่อยตัว Li ไปแล้วใช้พลังที่ได้มาใหม่พังใบพัดเรือทิ้ง ตอนนี้พวกมันได้ทั้ง Scorpion และ Martin Li ไปแล้ว
สไปดี้ทั้ง 2 กำลังคิดอยู่ว่าพวกมันคือใครและมีเป้าหมายอะไรกันแน่ แถมยังมีเทคโนโลยีที่แสนจะไฮเทคอีกด้วย ต้องไม่ใช่อาชญากรทั่วไปแน่นอน ไม่ว่าพวกมันจะมีแผนการอะไรแต่สไปดี้ทั้ง 2 คนจะร่วมกันสืบว่าพวกมันอยู่ไหนแล้วมีแผนร้ายอะไรให้ได้ จากนั้นทั้ง 2 คนก็แยกย้ายกันไป ทางด้านของ Miles ก็ได้เดินทางไปพบกับ Plowler หรือ Aaron Davis อาของเขา ซึ่งดูเหมือนว่าทั้ง 2 คนนี้พยายามจะเปิดใจกัน Aaron ก็พยามยามแนะนำ Miles เรื่องที่ Martin Li ทำกับพ่อของเขา ว่าให้ปล่อยวางอดีตก็เพื่อตัวของ Miles เองและอย่าทำอะไรโง่ ๆ รวมถึงเหตุผลที่ Aaron เรียก Miles มาเพราะว่าเขาวางมือจากการเป็น Plowler เลยอยากให้ Miles ไปเอาเทคโนโลยีเก่า ๆ ของเขาจากห้องแล็บลับของเขาที่อยู่ทั่วนิวยอร์ค เมื่อไปถึงก็พบว่าสิ่งที Aaron ให้เราไปเก็บก็คือชิ้นส่วนชุดต้นแบบของ Plowler
ตัดมาที่ Peter กำลังเดินทางไปที่สถาบน Emily-May Harry พา Peter ทัวร์สถาบันแห่งนี้พร้อมกับคุยกับนักวิทยาศาสตร์มากมายที่กำลังวิจัยเทคโนโลยีต่าง ๆ เพื่อรักษาโลกใบนี้ อีกทั้งยังได้พบกับ Dr. Curt Conor อีกด้วย จากนั้น Harry ก็พา Peter ไปชมออฟฟิศของพวกเขาทั้ง 2 คน Harry พยายามชวน Peter มาร่วมงานด้วย และยังบอกกับ Peter อีกว่าเขาคิดมาตลอดระหว่างการรักษาว่าถ้ารอดชีวิตมาแล้วอยากจะทำอะไร เขาได้ยินเสียงของแม่พูดแล้วบอกกับเขาว่า ดาวดวงนี้กำลังมีปัญหา และมันเป็นหน้าที่ของเขาที่จะปกป้องโลก เช่นถ้าหากปล่อย Microdrone ออกไปผึ้งจะมีอัตราการรอดชีวิตจากศัตรูทางธรรมชาติมากถึง 70,000 ตัว/สัปดาห์ ทำให้มีการผสมเกสรมากขึ้น 24.5 พันล้านครั้ง/สัปดาห์ หรือ Rooftop Garden ที่ช่วยลดปัญหาการขาดแคลนอาหารทั่วโลก สุดท้าย Peter ก็ยอมร่วมงานด้วย
Miles โทรหา Peter แล้วบอกว่า Genke ตามรอยพวกที่ลักพาตัว Scorpion กับ Li ได้แล้ว พบว่าพวกมันอยู่แถวสะพาน Williamburg เมื่อไปถึง Peter ก็พบว่าพวกมันมีเทคโนโลยีที่สามารถพลางตัวได้ และตอนนี้พวกมันได้กระจายไปตามจุดต่าง ๆ ทั่วเมืองนิวยอร์คเป็นที่เรียบร้อย Peter ตามรอยโดรนรูปร่างเหมือนนกไปจนพบเข้ากับข้อมูลตำแหน่งที่ซ่อนของพวกมัน Peter ไม่รอช้าที่จะบุกไปยังรังของพวกมันเพื่อสืบให้ได้ว่าพวกมันต้องการอะไรกันแน่
ที่ซ่อนตัวพวกมันคือตลาดขายอาหารเก่าที่เจ้าของนั้นได้ตายไปเมื่อปีก่อน แล้วถูกขายไปเมื่อไม่กี่สัปดาห์ที่ผ่านมา รวมถึงอสังหาอีกหลายแห่งทั่วเมืองที่พวกมันได้ไป MJ พยายามตามเรื่องนี้แต่ทุกคนที่เกี่ยวล้วนหายสาญสูญ หลังจากได้ต่อสู้กับพวกมันและรวบรวมข้อมูลต่าง ๆ ก็ได้รู้ว่ากลุ่มของพวกมันใช้ชื่อว่า The Hunter นำโดย Kraven ซึ่งเป้าหมายของพวกมันก็มีทั้ง Sandman, Black Cat และ Vulture อีกด้วย
จากวิดีโอที่ Peter ค้นเจอพบว่าตอนนี้ Scorpion ถูกจัดการไปแล้ว The Hunter ไม่ได้จับมือกับพวกวายร้ายแต่ล่าพวกวายร้ายแทน และเป้าหมายต่อไปของพวกมันก็คือ Black Cat จากนั้น Peter ก็ขอให้ Miles ออกไปช่วย Black Cat จากนั้น Miles ก็ตามรอย Black Cat จนเจอ พบว่าตอนนี้ Black Cat อยู่ที่ Santum ของ Dr Strange เธอได้ขโมยคฑาที่สามารถเปิด Portal จนสุดท้ายเราก็รู้ว่า Black Cat ต้องการไปหาแฟนสาวของเธอที่ปารีสก็เท่านั้น ทันใดนั้นเอง The Hunter ก็ตามมาจับ Black Cat ทั้ง Miles และ Black Cat เลยร่วมมือกันต่อสู้กับ The Hunter เมื่อจัดการพวกมันได้หมด Black Cat ก็ได้เปิด Portal แล้วไปยังปารีส Black cat มอบคฑาให้กับ Miles แต่เมื่อ Miles พยายามจะใช้หามันพาไปหา Martin Li คฑาก็สลายกลายเป็นฝุ่น พร้อมกับข้อความขอบคุณ Miles จาก Wong
เมื่อเหตุการณ์ทุกอย่างจบ Miles กัย Genke เพื่อนซี้ของเขาก็เดินทางไปที่ Coney Island จากนั้นก็ได้พบกับ Harry MJ และ Peter มาเที่ยวที่นี่เหมือนกัน เที่ยวเล่นได้ไม่นาน The Hunter ก็บุกเข้ามาที่ Coney Island เพื่อจับตัว Tombstone หนึ่งในตัวร้ายจากภาคแรก ซึ่งดูเหมือนว่าตอนนี้ Tombstone จะกลับตัวกลับใจแล้ว การต่อสู้เต็มไปด้วยความโกลาหล
Peter ที่พยายามช่วยคนที่อยู่บนรถไฟเหาะอย่างสุดความสามารถแต่เหมือนว่าเขาจะไม่ไหวแล้ว ในที่สุด Harry ก็ได้ใช้พลังที่เขามีเข้ามาช่วย Peter เหตุการณ์นี้เองทำให้ Harry รู้ว่า Peter คือ Spider-Man ระหว่างนี้เอง Tombstone ก็ถูกลักพาตัวไปแล้ว ทั้งคู่กลับไปที่ Emily May Foundation เพื่อพูดคุยถึงพลังของ Harry แล้วก็โชว์พลังตามภาษาผู้ชายจนเผลอหลับกันไปทั้งคู่ จนเช้าวันต่อมา Norman ก็ถามกับ Harry ว่า Dr.Connor อยู่ไหน ซึ่งตัว Harry ก็ไม่รู้เหมือนกันจากนั้น Peter ก็ขอแยกกับ Harry เพื่อตามหาว่า Tombstone ถูกจับไปอยู่ที่ไหนกันแน่ ? ในขณะนั้นเอง Black cat ก็ส่งตำแหน่งที่ Tombstone น่าจะถูกจับไว้อยู่ให้กับ Peter หลังจากที่เธอได้ยินพวก Hunters คุยกันผ่านวิทยุที่ Black Cat แอบขโมยมา ซึ่งที่นั่นคือโรงหลอมเหล็กใน Williamburg
เมื่อไปถึงก็พบพวกมันอยู่ที่นั่นจริง ๆ Harry โทรมาบอกว่าตอนนี้ไม่มีเบาะแสใดๆเกี่ยวกับ Dr.connor และไม่เคยเห็นพ่อของเขาเครียดแบบนี้มาก่อน Peter ก็แนะนำให้ Harry โทรหาให้ MJ ไปเช็กที่บ้านของ Dr. Connor จากนั้นการต่อสู้ก็เริ่มขึ้น สู้กันไปสักพักอยู่ Harry ก็สวมชุดสีดำออกมาร่วมต่อสู้ด้วย ดูเหมือนว่าสิ่งที่อยู่ในร่างกายของเขา นอกจากทำให้เขามีพลังยังสามารถสร้างชุดได้อีกด้ว สุดท้ายทั้งคู่ก็สามารถช่วย Tombstone ออกมาได้อย่างปลอดภัย
ตัดกลับมาที่ Miles เดินทางมาพบกับแม่ของเขาเพราะความจริงแล้วแม่ของ Miles กังวลเรื่องที่ Miles ยังไม่ปล่อยวางเรื่อง Martin Li ทั้งคู่เปิดใจกัน Miles เข้าใจดีแต่ว่าเขาไม่สามารถปล่อย Li ไปได้จริง ๆ อย่างไรก็ตามจนถึงตอนนี้ก็ยังไม่มีใครได้ข่าวว่า Dr.Conor หายไปไหน Harry เลยบอกให้ Peter มาเจอกันที่ EMF จู่ ๆ MJ ก็แจ้งข่าวว่าพวก Hunter อยู่ที่บ้านของ Dr.Conor ส่วนตัวเขาก็หายไปจริง ๆ แล้ว MJ ก็เจอข้อมูลที่สามารถพาไปตัว Dr.Conor แต่ดวงซวยที่ดันไปอยู่ในรถของพวก Hunter ในตอนนี้ MJ ก็ต้องจำใจแอบอยู่ในรถที่พวกมันกำลังขับไปไหนสักแห่ง โดยคิดว่าอาจจะเป็นที่ ๆ Dr.Conor อยู่ก็ได้
เมื่อมาถึงฐานของพวกมัน MJ ก็พบว่า Hunter ศึกษาข้อมูลเกี่ยวกับ Lizzard และพยายามจะทำให้ Dr.Conor กลายร่างเป็น Lizzard อีกครั้ง นอกจากนี้ยังพบกับอาวุธกับไฟล์เสียงของ Kraven ที่ชี้ให้เห็นว่า Vulture และ Shocker ถูกฆ่าตายไปแล้ว สุดท้าย MJ ก็เจอกับ Dr.Conor ถูกขังไว้อยู่ ในขณะที่ MJ กำลังพา Dr.Conor หนีออกไป จู่ๆ Kraven ก็ปรากฎตัวขึ้นมาพร้อมกับฉีดสารบางอย่างเข้าร่างกาย Dr.Conor
เพื่อต้องการให้เขากลายร่างเป็น Lizzard อีกครั้ง Peter และ Harry ก็มาช่วยพอดีแต่ว่ามันสายเกินไปแล้ว Dr.Conor กำลังจะกลายร่างเป็น Lizzard Dr.Conor บอกกับพวกเขามีตัวอย่างเซรุ่มที่ใช้รักษาแต่ท้ายที่สุดเซรุ่นก็ถูก Kraven แย่งไป Dr.Conor กลายร่างเป็น Lizzard แล้วหนีไปอย่างไร้ร่องรอย Peter เข้าต่อสู้กับ Kraven แต่พลาดท่าโดน Kraven ใช้มีดแทงทำให้อาการเขาตอนนี้อยู่ในขั้นวิกฤต Harry โกรธมากเลยพุ่งเข้าไปสู้กับ Kraven อย่างดุเดือด เมื่อ Harry จัดการ Kraven ได้เขาก็รีบมาหา Peter ทันทีแต่ดูเหมือนว่ามันจะสายเกินไปแล้ว
ในขณะนั้น วัตถุประหลาดสีดำจากตัว Harry ก็ได้ย้ายจากตัว Harry เข้าสู่ร่างกายของ Peter จนทำให้เขาฟื้นขึ้นมาอีกครั้ง Peter ใช้พลังใหม่นี้จัดการกับ Hunter ได้ทั้งหมด เมื่อทั้งสามคนนี้หนีออกจากที่นีได้แล้วดูเหมือนว่า Kraven จะสนใจเจ้าสิ่งนี้มาก ทั้งสามคนกลับมาที่ EMF อีกครั้ง Peter พยายามจะคืนเจ้าสิ่งนี้ให้กับ Harry เพราะ MJ ก็กังวลว่าถ้าหากสิ่งนี้ไม่กลับเข้าร่าง Harry โรคร้ายที่เขากำลังเป็นอยู่อาจกำเริบอีกครั้ง แต่ดูเหมือนว่ามันจะไม่เป็นแบบที่คิดเจ้าสิ่งนี้มันไม่ยอมกลับร่าง Harry
แต่เรื่องนี้เอาไว้ทีหลังเพราะทั้งสามคนต้องไปเอาเซรุ่มจาก Kraven มาให้ได้เพืิ่อนำมาวิเคราะห์ด้วยเทคโนโลยีที่ EMF จากนั้นก็นำไปรักษา Dr.Connor ในที่สุด Peter ก็ตามรอยได้ ซึ่งดูเหมือนว่า Hunter กำลังจัดงานฉลองอยู่สถานที่แห่งหนึ่ง Peter ได้แฝงตัวเข้าไปเป็นเด็กเสิร์ฟ เขาต้องเอาอาหารไปให้กับ Dima บอดี้การ์ดของ Kraven ซึ่ง Dima ที่ว่าก็คือเสือนั่นเอง แต่เขาก็ไม่พบกับ Kraven อยู่ที่นี่ ต่อมา Peter ก็ได้ปะทะกับ Hunters ที่อยู่ในงานนี้ดูเหมือนว่า Hunters ก็ต้องการจับตัวสไปดี้เหมือนกัน เมื่อจัดการพวกมันได้หมด Peter ตามรอย Kraven ไปที่โบสถ์แห่งหนึ่งจนเจอเข้ากับกลุ่ม Hunters และ Kraven ทั้งคู่ต่อสู้กันอย่างเอาเป็นเอาตาย และที่นี่เอง Kraven ก็ได้พบว่าจุดอ่อนของสไปเดอร์แมนก็คือเสียงระฆังที่มีคลื่นความถี่สูงทำให้ Peter เกือบแพ้แต่สุดท้ายก็ขโมยเซรุ่มมาได้ เลยรับกลับไปที่ EMF เพื่อนำมันไปวิเคราะห์แล้วสร้างเซรุ่มขึ้นมาทว่ามันไม่เสถียรเลยต้องใช้เครื่องเร่งอนุภาคทำให้มันเสถียร แต่ที่เซรุ่ม Kraven ได้ติดเครื่องติดตามและตามมาถล่มสไปดี้ที่ EMF ถึงจะทุลักทุเล ทั้งคู่ก็สามารถสร้างเซรุ่มรักษาได้ จากนั้น Norman ก็มาที่ EMF พร้อมกับหน่วยรักษาความปลอดภัยของ Oscrop เพราะเป็นห่วง Harry
Harry เป็นห่วงมูลนิธิแต่ตอนนี้ทั้งสองคนต้องโฟกัสไปที่การช่วย Dr.Conor ให้ได้ Harry ได้มอบเซรุ่นให้กับ Peter ตัดมาที่ Miles มาตรวจสอบบางสิ่งบางอย่างที่เขาตรวจจับสัญญาณได้จนเจอเข้ากับ Talon Drone พวกมันใช้สัญญาณดาวเทียมในการค้นหาเป้าหมาย Miles เลยตามดาวน์โหลดข้อมูลจากโดรน แต่ดูเหมือนว่าข้อมูลที่เขาได้มาจะไม่ได้เกี่ยวกับ Li แต่เป็นคนอื่นแทน จากนั้น Harry ก็โทรมาหา Miles เพราะว่าเขารู้สึกเหมือนตัวเองไม่มีประโยชน์เท่าไรก็เลยอยากช่วยทุกคนเท่าที่จะทำได้ จากนั้น Miles ก็เดินทางไปที่หลุมศพของพ่อเขาเพื่อระบายความในใจเขา
ฉากต่อมามาที่ Peter กำลังเดินทางไปที่บ้านของ Dr.Connor จนพบเบาะแสว่า Lizzard เคยมาที่นี่เพื่อพยายามทดสอบเลือดของตัวเองในขณะที่ยังพอมีสติอยู่ แต่ร่างกายของเขาก็ขยายจนใหญ่มากขึ้นกว่าเดิม ทันใดนั้นพวก Hunter ได้บุกมาที่บ้านเพื่อตามล่า Lizzard ดูเหมือนว่าตอนนี้ Peter จะโกรธพวก Hunter มาก ๆ เลยหลังจากการต่อสู้ที่บ้านจบลง Peter โทรเรียกให้ Miles ไปที่ Harlem Seafood Market จนเจอกับ Hunter หลังจากเข้าปะทะกัน Miles ก็พบว่า ร่างกาย Lizzard กำลังขยายใหญ่ขึ้นเรื่อยๆ เกิดฉากไล่ล่าสุดอลังการขึ้นอีกครั้ง Lizzard สามารถหนีรอดจาก Hunter ไปได้โดยเข้าไปทางท่อน้ำ Peter ขอลุยเดี่ยวเพื่อจดการกับ Lizzard แต่ Miles รู้สึกว่านี่ไม่เหมือน Peter คนเดิมที่เขารู้จัก
Peter พยายามจัดการเรื่องนี้เพียงลำพัง และกันไม่ให้คนอื่นเข้ามายุ่งด้วยน้ำเสียงที่ดูก้าวร้าว Peter ลงไปที่ท่อน้ำใต้ดิน ทว่าพบเข้ากับแล็บของ Oscrop และ Lizard ทั้งคู่ต่อสู้กันแบบไม่มีใครยอมใคร ส่วน Lizard หนีขึ้นมาบนเมืองในระหว่างนี้ Kraven ยังคงตามล่า Lizard อยู Kraven ใช้หน้าไม้ยิงจน Lizzard หล่นจากตึกแล้วกลับไปสู้กันที่ใต้ดินอีกครั้ง คราวนีร่างกายของ Lizard ขยายใหญ่ขึ้นไปอีก การต่อสู้เต็มไปด้วยความยากลำบาก ความพยายามของ Peter สำเร็จเขาฉีดเซรุ่นให้กับ Lizard จนกลายกลับมาเป็น Dr. Conor อีกครั้ง Peter พาเขาไปยังแล็บ Oscrop ที่อยู่ใต้ดิน
เมื่อ Dr.Conor ฟื้้นขึ้นมา Peter ก็ถามวิธีเอาเจ้าสิ่งนี้ออกไปจากตัว Conor พาไปดูบางสิ่งที่เหมือนกับก้อนหิน แต่ดูเหมือนว่าเจ้าสิ่งที่อยู่ในร่างกายของ Peter จะไม่ชอบเท่าไร จากนั้นมันก็ทำให้เราได้เห็นว่าตัวของมันคืออะไร แล้วมันนี่แหละที่ทำให้ Connor ต้องเสียแขนไป Connor เล่าว่าเศษเสี้ยวของอุกาบาตตกลงมาที่นอกเมืองเมื่อปีก่อน เมื่อไปตรวจสอบก็พบเข้ากับเจ้าสิ่งนี้ Conor เรียกว่า Symbiote มันสามารถผนวกเข้ากับโฮสต์ในระดับที่เล็กกว่าเซลล์ได้ มันเลยถูกใช้เพื่อรักษา Harry Osborn การที่มันเลือกมาอยู่กับ spider-man มากกว่าที่จะกลับไปอยู่กับ Harry dr.connor มองว่าเจ้าสิ่งนี้มันอันตรายกว่าที่เขาคิดไว้เสียอีก Dr. Connors พยายามโทรเรียก Oscrop แล้วทำลายมันซะ ดูเหมือนว่า Peter จะไม่ต้องการแบบนั้นเพราะว่ามันเลือก Peter และมันทำให้ Peter เป็น spider-Man ที่ดีขึ้นกว่าเดิมได้ หลังจากนั้น Peter ก็กำลังจะกลับไปที่บ้านของเขา แต่เขาไม่รู้ตัวเลยว่า Hunter กำลังตามล่าเขาอยู่
Peter กลับไปนอนพักผ่อนที่บ้านหลังจากที่เขาหลับไป MJ ก็เห็นพวก Hunter กำลังบุกมาที่บ้านของเขาทันใดนั้น Peter ก็หายตัวไปจากที่นอนระหว่างนี้ MJ ต้องพยายามหาทางเอาตัวรอดเองและตามหา Peter ไปด้วย แต่ก็พบว่า Peter กำลังเกิดอาการคุ้มคลั่งแบบที่ไม่เคยเป็นมาก่อน MJ พูดอะไรก็ไม่ยอมฟังแม้แต่น้อย จึงติดต่อขอให้ Miles มาช่วยเมื่อ Miles มาถึงก็ไล่ตาม Peter ส่วนพวก Hunter ก็มาขัดขวาง Miles
จน Peter สามารถหนีเข้าไปในอุโมงค์ใต้ดินในระหว่างที่ Miles ต่อสู้ไปได้สักพัก MJ ก็ตามเข้าไปในอุโมงค์ใต้ดิน Peter เข้าจู่โจม MJ แบบคนไร้สติ แต่ระหว่างนั้นเครื่องขุดเจาะถนนได้ไปกระทบเข้ากับแท่งเหล็กที่ใช้สำหรับก่อนสร้างจนเกิดเสียงคลื่นความถึ่สูงที่ Symbiote แพ้ทางจน Peter สลบไป จากนั้นระหว่างที่ Miles กำลังต่อสู้ก็เสียท่าให้กับ Hunter จากนั้น Kraven ก็ปรากฎตัวขึ้นมาเพื่อที่จะจับตัว Peter ทางด้านของ MJ ก็พยายามทำให้ Peter ได้สติขึ้นมาอีกครั้งด้วยเครื่องช็อตไฟฟ้า เมื่อตื่นขึ้นมา Peter ก็รีบบอกให้ MJ รีบหนีทันที จากนั้นเขาก็คลั่งขึ้นมาอีกครั้งแล้วไล่ล่า MJ แต่สุดท้าย MJ สามารถเอาตัวรอดได้ส่วน Hunter ก็ตาหาตัว Peter ไม่พบแต่ก็ได้ตัว Milesไป
เกมตัดภาพไปที่เช้าของอีกวัน Peter ตื่นขึ้นมาบนมานั่งข้างถนน เมื่อเปิดข้อความก็พบว่า Harry อยากพบกับ Peter เพราะอยากได้ชุดคืนแล้วตอนนี้พ่อของเขาก็กำลังหาวิธีการรักษาใหม่ ระหว่างที่เดินทางไปพบกับ Harry บทความใหม่ของ Daily Bugle ที่เขียนโดย MJ ก็ถูกปล่อยออกมาสร้างความไม่พอใจให้กับ Peter เป็นอย่างมากเมื่อพบกับ Harry ที่อาการไม่ค่อยสู้ดีนักจากนั้น Peter ก็พบกับ MJ ที่นั่นและถูกถามว่าจำเรื่องที่เกิดขึ้นเมื่อคืนได้หรือเปล่าแต่ Peter ก็จำไม่ได้เลยแม้แต่น้อยแค่รู้สึกว่าเหนื่อยมาก ๆ Peter เริ่มมีปากเสียงกับ Harry และ MJ เรื่องชุด Symbiote โดยเฉพาะ MJ ที่ปล่อยบทความใส่ร้าย Spider-Man แต่ว่ามันคือความจริงที่เกิดขึ้นโดยที่ Peter ก็ยังไม่รู้ตัว
จากนั้น Peter ได้เดินออกจากห้องแล้วพบกับ Norman ที่พยายามหาทางรักษา Harry อยู่ Norman เศร้ามากและเข้าไปกอดกับ Peter แต่ Harry ได้ยินสิ่งที่พวกเขาคุยกันแล้วรู้สึกโกรธและเสียใจเป็นอย่างมาก จากนั้นเขาก็บอกให้ MJ กลับไปซะ จากนั้น Rio ก็ได้บอกให้ Peter ไปพบกันที่สำนักงานเพราะ Miles หายตัวไปตั้งแต่เมื่อคืนที่ผ่านมา หลังจากที่ทั้ง 2 พูดคุยกันเรียบร้อย Peter เริ่มออกตามหา Miles ทันที
หลังจากที่ Miles ฟื้นขึ้นมาอยู่ที่ไหนสักแห่ง ซึ่งมันดูเหมือนฐานของ Hunters ตัวของ Miles ได้พบกับคุกที่เอาไว้ขังวายร้ายที่ Hunter จับมาและพบเข้ากับห้องขังของ Martin Li Miles ก็เดาได้ทันทีว่า Li ต้องอยู่ที่นี่แน่ ๆ เมื่อต่อสู้กับ Hunter ไปหลายกลุ่ม แล้วเมื่อเราเข้าไปยังห้องหนึ่งซึ่งมี Hunter มากมายรอเราอยู่แต่พวกมันกลับไม่โจมตี Miles แต่เหมือนกำลังทำพิธีอะไรสักอย่าง เหมือนเวลาที่นักรบกำลังไปต่อสู่กัน Miles เดินผ่านพวกมันไปจนพบกับสนามประลองที่มี Hunter อยู่เต็มไปหมดรวมถึง Kraven ด้วย
และคู่ต่อสู้ที่อยู่ในลานประลองก็คือ Martin Li Miles รอโอกาสนี้มานานแล้วและเขาไม่รอช้าที่จะเข้าไปต่อสู้กับ Li การต่อสู้ดุเดือดและสูสีมาก จนกระทั่ง Martin Li ได้ใช้พลังของเขาไปต่อสู้ในจิตใจของ Miles ซึ่งภายในจิตใจของ Miles เขาได้พบกับพ่อของเขาอีกครั้ง พ่อของเขาก็พูดสิ่งที่ทำให้ Miles ฉุกคิดอะไรว่าเขาคือใครกันแน่ ตอนนี้เอง Li ก็ได้รู้ความจริงว่าตัวเขาทำให้พ่อของ Miles ต้องตายรวมถึงคนบริสุทธิ์มากมายจากปัญหาของตัวเขาเอง การต่อสู้จบลงด้วยความพ่ายแพ้ของ Li เขาขอร้องให้ Milles จัดการเขาซะ แต่ว่า Miles เปลี่ยนไปแล้ว Miles โยน Li ออกไปจากลานประลองพร้อมกับบอกให้เขาตามหา Spider-Man อีกคน
Genke แจ้งกับ Peter ว่าได้รับรายงานว่ามีการพบ Mister Negative ใกล้ ๆ กับ FEAST ใน China Town แต่ไม่พบร่องรอยของ Miles ระหว่างที่ Peter กำลังไปหา Li มีสายจาก Dr.Conor โทรมาหา Peter แล้วบอกให้ไปเขาที่แล็บเพื่อนำ Symbiote ออกจากตัวก่อนที่มันจะทำให้อะไรๆ แย่ลงไปกว่านี้ จากนั้น Peter ก็ตัดสายทันที Peter พบกับ Martin Li แล้วได้พูดคุยกันโดยเขาบอกกับ Peter ว่า Miles อยู่ในรังของ Kraven ที่แมนชั่นเก่า Li พูดว่าเขาเป็นหนี้ชีวิตของ Miles และ Peter ควรภูมิใจในตัวของ Miles เพราะเขาทำให้ Li นึกถึง Peter
จากนั้น Peter ก็รีบเดินทางไปหา Miles ทันทีและดูเหมือนว่าเขาจะอารมณ์เสียสุด ๆ ไม่ว่าจะเป็น MJ ที่เขียนบทความแง่ลบเกี่ยวกับ Spider-Man และพวก Hunters ที่ทำลาย EMF และบ้านของป้าเมย์ ทันใดนั้นเองก็มีเสียงของ Symbiote พูดขึ้นมาว่าให้ฆ่า Kraven ซะ Peter มาถึงแมนชัันเก่าเขาได้เข้าปะทะกับ Hunter หลายสิบคนด้วยความโกรธถึงขีดสุด แล้วเขาก็ได้ต่อสู้กับ Kraven ที่ลานประลอง Peter ติดกับดักที่ Kraven วางเอาไว้ ดูเหมือนว่าขาจะวางแผนสู้กับสไปเดอร์แมนมาเป็นอย่างดีเมื่อ Peter ออกมาจากห้องขังได้ ทั้งสองก็ได้เริ่มต่อสู้กันอย่างเอาเป็นเอาตายแต่อย่างที่บอกไปว่า Kraven วางแผนรับมือไว้แล้ว เขาใช้เสียงของระฆังระหว่างการต่อสู้ทำให้ Peter เป็นฝ่ายเสียเปรียบพอสมควร แต่ด้วยพลังของ Symbiote ทำให้ Peter พลิกกลับมาเป็นฝ่ายได้เปรียบ หลังจากนั้นไม่นาน Miles ก็ตามมาสบทบกับ Peter ในขณะที่ Peter พยายามฆ่า Kraven Miles ได้เขามาขัดขวางจนทำให้ Kraven กระเด็นไปกระแทกกำแพงแล้วสลบไป
ในตอนนี้ Peter หันมาหา Miles แล้วใช้พลังของ Symbiote สร้างกำแพงล้อมรอบเพื่อไม่ให้ Miles หนีไปไหน จากนั้นทั้งสองคนก็เข้าต่อสู้กัน Miles พยายามพูดถึงสติของ Peter แต่ Peter ไม่ยอมฟังอะไรเลยและคิดว่า Miles อยากได้ชุดนี้ซะงั้น การต่อสู้พลิกไปพลิกมาไม่มีใครยอมใคร Miles พยายามพูดเตือนสติตลอดว่าให้คิดสิว่าตัวเองคือใคร แถมโดนเสียงระฆังเข้าไปด้วย Peter ใช้แรงทั้งหมดที่มีดึง Symbiote ออกจากร่างกาย แต่มันพยายามกลับมาหา Peter อีกครั้งแต่ Miles สามารถเก็บมันไว้ได้ทัน Peter ขอโทษและขอบคุณ Miles กับเรื่องทั้งหมด Peter เลยตัดสินไปหา Dr.connor เพื่อทำลายมัน ถึงแม้มันจะเป็นสิ่งที่ช่วยรักษา Harry แต่ก็ทำลายมันและ Peter เชื่อมั่นว่า Norman จะหาวิธีการรักษาแบบอื่นได้
Dr.Conor บอกให้ Peter ไปที่ Oscrop เพื่อนำมันกลับไปไว้ในแท็งค์ก่อนเพราะมันจะอ่อนแอลงเมื่ออยู่ในนั้น Peter ติดต่อไปหา MJ และเล่าทุกอย่างให้ MJ ฟังตัวของ MJ ก็สนับสนุนให้ Peter ทำแบบนี้ เมื่อ Peter เดินทางไป Oscrop ก็เจอ Harry ที่อาการกำลังร่อแร่รอเจ้า Symbiote นี้อยู่ Peter พยายามอธิบายว่ามันตรายเพราะมันจะทำให้ Harry เสียตัวตนไปแต่ Harry ก็ไม่ได้สนใจแล้วคิดว่า Peter ไม่อยากจะช่วยเขา เมื่อเขารู้สึกไม่พอใจก็เลยเอาไม้เท้าฟาดไปที่ Peter แต่พลาดไปโดนโหลที่เก็บเจ้า Symbiote อยู่จนแตก จากนั้นมันก็ออกมาได้แล้วหลอมรวมเข้ากลับร่างกายของ Harry แล้วกลายร่างเป็น Venom จากนั้นมันก็จับ Spider-Man ด้วยพละกำลังมหาศาลทำให้ Peter ถึงกับสลบ
Venom ไล่ถล่ม Oscrop จนเละเทะไปหมดจากนั้น Hunter ก็บุกเข้ามาที่ Oscrop ด้วยเช่นกันเพื่อจับตัวเจ้า Venom จนการต่อสู้ขยายวงกว้างไปถึง Time Square จากนั้น Kraven ก็ปรากฎตัวออกมาเพื่อสู้กับ Venom หน้าตาของเขาดูตื่นเต้นมาก ๆ ที่จะได้สู้กับเจ้าสิ่งนี้ มันเป็นการต่อสู้ที่ Kraven เฝ้ารอคอยมาตลอด ดูเหมือนว่า Venom จะมีความทรงจำจากตอนที่หลอมรวมกับ Peter ด้วย มันรู้สึกโมโห Kraven เป็นต้นเหตุที่ทำให้ตัวของมันต้องถูกแยกกับ Peter การต่อสู้ของ Venom เต็มไปด้วยความดุเดือด แต่ท้ายที่ Kraven ก็เป็นฝ่ายที่พ่ายแพ้และเขาไม่กลัวความตายเลย สุดท้ายก็ถูก Venom ฆ่าทิ้ง
Harry เริ่มได้สติขึ้นมาแล้วเขาได้ไปยังโบสถ์แห่งหนึ่งและคุกเข่าต่อหน้าหลุมศพของแม่เขา เหมือนว่าเขาไม่รู้ตัวว่าทำอะไรลงไป จากนั้น Harry ก็ได้ยินเสียงแม่ของเขาพูดขึ้นมาว่าไม่ต้องกลัวไปหรอกเพราะตอนนี้ลูกมีพลังที่จะทำอะไรก็ได้ตามที่ลูกต้องการ แต่จริง ๆ แล้วเสียงที่เขาได้ยินก็คือเสียงพูดของ Symbiote ที่กำลังโน้มนาวให้ Harry รักษาโลกตามที่ Harry วาดฝันไว้ จากนั้น Symbiote ก็โชว์ภาพนิมิตที่มันวาดฝันไว้ให้ Harry เห็น ดูเหมือนว่ามันอยากทำให้โลกทั้งใบเป็นดาวที่เต็มไปด้วย Symbiote
ตัดมาที่รุ่งเช้าของอีกวัน Peter ได้สติท่ามกลางความพังพินาศที่ Harry ทำไว้ตอนนี้ Peter ต้องรีบตามหาตัว Harry เมื่อตามรอยจากป้ายชื่อ EMF ของ Harry เขาก็ได้พบกับสถานที่ ๆ ดูเหมือนรังของ Symbiote ภายในนั้น Peter พบกับชาวเมืองที่ Harry เปลี่ยนให้กลายเป็น Symbiote เลยทิ่้งข้อความไว้ให้ Miles เข้าใจสถาณการณ์ตอนนี้ ระหว่างต่อสู้ Peter สามารถช่วยชาวเมืิองเหล่านี้ได้อย่างปลอดภัย
Peter อยากให้ Miles มาช่วยกันจัดการเรื่องนี้ Miles พูดถึงเรื่องที่ Kraven ถูกฆ่าตายด้วยซึ่งนั่นทำให้เขาตกใจมาก ๆ ตอนนี้ miles เสนอวิธีจัีดการ Symbiote ด้วยการใช้เสียงระฆังสำหรับต่อสู้กับ Harry และกองทัพ Symbiote โดยการใช้องค์ประกอบของเสียงต่าง ๆ มามิกซ์เป็นคลื่นเสียงที่ Symbiote ไม่ชอบ ระหว่างนี้ Genke และ Rio เป็นห่วง Miles มากเลยตอนนี้พวกเขาอยู่ในรถไฟใต้ดินเพื่อออกไปตามหา Miles เมื่อรู้ว่าลูกชายและเพื่อนปลอดภัยแล้ว Genke ก็นัดกันที่บ้านของ Miles และจะไปให้เร็วที่สุดเท่าที่จะทำได้เพราะต้องสร้างอาวุธใหม่สำหรับต่อกร Symbiote เมื่อหาองค์ประกอบเสียงต่าง ๆ ที่ต้องการครบ Miles ก็ถูกกองทัพ Symbiote จู่โจมทันทีและเขาก็ไม่รอช้าที่จะทดสอบอาวุธใหม่ รวมถึงตามให้ Peter มาช่วยด้วย เมื่อมาถึง Peter ก็ได้ให้ Miles ถ่ายโอนข้อมูลคลื่นเสียงลงไปใน Concussion Burst จนกลายเป็น Sonic Burst อาวุธชิ้นใหม่สำหรับต่อกร Symbiote เมื่อยิงออกไปแล้วมันทำให้พวก Symbiote เสียจังหวะไปชั่วขณะด้วยคลื่นเสียงที่พวกมันไม่ชอบ เมื่อจัดการหมด Genke โทรมาขอความช่วยเหลือจาก Miles ว่าที่รถไฟใต้ดินเหมือนติดอะไรบางอย่างจนไปไม่ได้แล้วก็มีฝูงสัตว์ประหลาดเต็มไปหมด Miles และ Peter เลยรีบไปช่วย Genke และ Rio ที่สถานีรถไฟใต้ดิน
เมื่อไปถึงปากทางเข้าทางรถไฟใต้ดิน Peter พบกับ Harry ที่กำลังเปลี่ยนผู้คนให้กลายเป็น Symbiote อยู่ แต่ทั้งคู่ไม่ได้สนใจเรื่องนั้นตอนนี้พวกเขาทั้งสองต้องช่วยผู้คนที่กำลังเดือดร้อนอยู่ให้ได้ก่อน เมื่อ Peter และ Miles เข้าไปถึงพบว่าประตูของโบกี้รถไฟมันติดกับสิ่งที่ดูเหมือนกิ่งก้านหรืออะไรก็ตามที่ดูเหมือนไม้เลื้อยที่ Symbiote สร้างไว้ขวางไว้อยู่ ทั้งคู๋เลยพยายามหาวิธีจนพบว่ากิ่งก้านพวกนี้มันเชื่อมถึงกันหมดและมีศูนย์รวมประสาทอยู่ที่จุดเดียว ทั้งคู่เลยใช้ Sonic Burst จัดการและยิ่งเข้าไปลึกพวกเขาได้พบกับศูนย์รวมประสาทขนาดยักษ์ พวกเขาใช้ Sonic Burst หลายอันเลยในการทำลายศูนย์รวมประสาทตรงนี้ โดยที่พวกเขาต้องต่อสู้กับฝูง Symbiote ที่มาไม่หยุดหย่อน แต่ท้ายที่สุดพวกเขาก็ทำลายมันและช่วย Rio กับ Genke ได้อย่างปลอดภัยจากนั้นก็รีบกลับไปยัง Uptown หลังจากช่วยได้แล้วขั้นต่อไปก็คือการตามหาตัว Harry
Peter รีบกลับไปหา MJ ที่บ้านทันที ระหว่างนั้น MJ ที่กำลังอยู่ทีบ้านก็ได้รับสายจาก Jonah และชม MJ เกี่ยวกับบทความล่าสุดและเขาอยากให้เธอเขียนอะไรแบบนี้อีก แต่ดูเหมือนว่า MJ จะไม่ค่อยชอบสักเท่าไร อย่างไรก็ตาม MJ รีบโทรหา Peter เพื่อบอกกับว่าตัวเองไม่ได้ถูกไล่ออกจาก Bugle และถูกเลื่อนขั้นเป็นตำแหน่งบรรณาธิการอีกด้วย Peter ดีใจด้วยและพยายามอธิบายเรื่องราวที่เกิดให้ MJ ได้รู้แต่ทันใดนั้นเองระหว่างที่คุยกันดูเหมือนว่ามีใครบางคนมาเคาะประตูบ้าน MJ รีบไปเปิดประตู สุดท้ายก็พบเข้ากับ Harry และ MJ กำลังอยู่ในอัตราย Peter ไม่รอช้ารีบไปหา MJ ทันที ระหว่างทาง Dr.Connor โทรมาสอบถามว่า Peter มีอาการอะไรหรือเปล่า พร้อมกับแจ้งว่า Symbiote อาจหลงเหลืออยู่ในร่างกายของ Peter แต่ไม่ต้องตกใจไป และควรจะไปเจอกันที่แล็บเพื่อทดสอบอะไรบางอย่าง แต่เอาไว้ทีหลัง
Peter ไปถึงที่บ้านก็พบ MJ กับ Harry นั่งอยู่บนโต๊ะ สถานการณ์เริ่มตึงเครียดแต่ Peter ไปพูดจายั่วโมโหharry ว่าต้องเอา Symbiote ออกจากร่างกายของ Harry ทีนี้ Harryพลันโกรธpeter ก็เลยกลายร่างเป็น Venom มาทำร้าย Peter แต่ MJ เข้ามาขวางไว้ ทำให้MJ โดนจับตัวไปแล้วถูกทำให้กลายร่างเป็นพวก Symbiote Venom จากไปแล้วทิ้งให้ 2 คนนี้ต่อสู้กันเอง การต่อสู้ก็ไม่ต่างจากที่ Miles ทำกับ Peter คือการพูดเพื่อดึงสติไปพร้อม ๆ กับการใช้คลื่นความถี่สูง รวมถึงพูดสิ่งที่อยู่ในใจออกมาทั้งหมด เหมือนคู่รักที่อัดอั้นมานานมาก แล้วระเบิดทุกอย่างออกมาทีเดียว แต่ไม่ว่าจะยังไง Peter สามารถช่วย MJ ออกมาจาก Symbiote ได้อย่างปลอดภัย MJ ตัดสินใจลาออกเพราะอยากทำสิ่งที่ควรทำนั่นคือการบอกเล่าความจริง ระหว่างที่ทั้งคู่กำลังปรับความเข้าใจกันแล้ว
Miles ส่งข้อมความเรียกให้ Peter ไปที่ City Hall หน่อยเพราะที่นั่นกำลังแย่สุด ๆ ทั้งเจอกันระหว่างทางเมื่อไปถึงแล้วพบว่าที่นั่นเต็มไปด้วย symbiote จำนวนหลายสิบตัวรอเราอยู่ การต่อสู้เต็มไปด้วยความยากลำบากพวกมันทั้งเยอะและแข็งแกร่ง Genke ติดต่อมามีผู้คนที่ติดอยู่ข้างในกำลังอพยพออกทางดาดฟ้า Peter กับ Miles เลยรีบขึ้นไปจัดการ Symbiote เมื่อเปิดประตูออกมากลับพบว่าผู้คนเหล่านั้นกลายเป็น Symbiote ไปเรียบร้อยแล้วมีจำนวนที่เยอะเกินกว่าสไปดี้ทั้งสองจะต้านไหว ในขณะที่ Peter และ Miles กำลังเสียท่า Mr Negative หรือ Martin Li บุคคลที่ไม่คิดว่าจะมาช่วยก็มาช่วยพวกเขาทั้งคู่ อย่างไรก็ตามพวก Peter กำลังจะกลายร่างเป็น Symbiote อีกครั้งเพราะยังมีบางส่วนของ Symtiote ตามที่ Dr.Connor เคยบอกไว้แถมไม่ได้สติอีก Miles และ Li เลยเข้าไปในจิตใจของ Peter ด้วยพลังของ Li จากนั้นทั้งสองก็ออกตามหาและปลดปล่อย Peter ให้เป็นอิสระจาก Symbiote ที่กำลังครอบงำตัว Peter ดูเหมือนว่าพวก Symbiote จะกลัวพลังของ Li ด้วยเหตุผลบางอย่าง วิธีการช่วย Peter ก็คือทำให้ Symbiote อ่อนแอลง กลับมาควบคุมอีกครั้งและใช้พลังของทั้งคู่ปลดปล่อย Peter Li พา Miles ไปพบกับส่วนที่ดำมืดที่สุดในจิตใจของ Peter ระหว่างการเดินทางเราได้เห็นเรือนจำ Raft และวายร้ายที่ Peter เคยจัดการมาแล้วมากมาย และพบกับบ้านของป้าเมย์รวมถึงความทรงจำระหว่าง Peter กับป้าเมย์ รวมถึง FEAST ซึ่งตลอดการเดินทางครั้งนี้ก็ทำให้ Li หวนคิดถึงอดีตที่มีแต่ความแค้น ทุกอย่างพังลงเพราะอยากแก้แค้นให้กับครอบครัว เขาขอโทษ Miles ที่เขาทำให้พ่อ Miles ต้องตายลงไป
แล้วทั้งคู่ก็มาถึง ที่นี่คือศูนย์กลาง Symbiote และความจบปวดทั้งหมดในจิตใจ Peter ทั้งคู่ต้องทำลายมันเพื่อปลดปล่อย Peter แต่พวกเขาทำไม่สำเร็จถึงแม้จะรวมพลังกันแล้วก็ตาม Li เลยเสนออีกวิธีนั่นก็คือการอัดพลังทั้งหมดเข้าไปใน Symbiote เพื่อทำลายมันและปลดปล่อย Peter ออกมาได้ ซึ่งอาจให้ Li ตายได้ ระหว่างนี้เอง Miles พูดกับ Li ว่ายังไงเขาก็ไม่มีทางให้อภัยเรื่องพ่อของเขา แต่เขาไม่อยากเก็บความแค้น Li ไว้กับตัวอีกต่อไปแล้ว ต่อจากนี้ก็มาทำทุกอย่างให้ถูกต้อง ทั้งคู่คุยกันเข้าใจแล้ว จากนั้นแผนการช่วย Peter ก็เริ่มขึ้น Li อัดพลังทั้งหมดไปที่ Symbiote ส่วน Miles ก็ต้องคุ้มกัน Li จากศัตรูที่บุกมาไม่หยุด เมื่อจัดการหมดแล้ว Miles กับ Li รวมพลังกันเพื่อทำลาย Symbiote จนสำเร็จ
ความเจ็บปวดของเขาก็คือการที่ต้องเสียป้าเมย์ไป ทุกวันน้เขายังโทษตัวเองอยู่ตลอด Peter เสียใจที่ช่วยป้าเมย์ไม่ได้ Miles พยายามเรียก Peter ให้กลับมา ตัดกลับมาที่โลกปกติรอบตัวทั้งคู่มีฝูง Symbiote เต็มไปหมดและดูเหมือนว่า Miles กับ Li จะทำสำเร็จ Peter ฟื้นขึ้นมาอีกครั้งพร้อมกับพลังใหม่ที่เกิดจากการหลอมรวมกันของ Symbiote และพลังของ Mr.Negative จนเกิดเป็นชุดใหม่ที่เรียกว่าชุด Anti Venom ในตอนนี้ Peter มีพลังที่สามารถต่อกรกับ Symbiote ได้แล้วและบอกให้ Miles ถอยไปก่อนเพราะเขาจะจบเรื่องนี้ด้วยตัวเอง เมื่อการต่อสู้จบ Peter ขอบคุณ Li ที่ช่วยชีวิตเขาไว้ Li ได้บอกกับทั้ง 2 คนว่าเขาทั้งชีวิตเขาจมปลักกับการแก้แค้นและสูญเสียทุกอย่างไปเพราะมัน สไปเดอร์แมนทั้ง 2 คนทำให้คิดได้ว่านี่ไม่ใช่สิ่งที่เขาเป็น Martin Li ตัดสินใจกลับเข้าคุกเองเพื่อทำให้ทุกอย่างถูกต้องแบบที่มันควรจะเป็น Peter ตระหนักถึงสิ่งที่ MJ เคยพูดได้ว่าทำไมเมืองนี้ถึงต้องมีสไปเดอร์แมน
การค้นหา Harry ยังคงดำเนินต่อไป Peter เล่าเรื่องราวที่เกิดขึ้นให้กับ MJ ฟังทั้งหมดว่าเขากำลังจะโดน Symbiote ที่เหลืออยู่ในตัวยึดร่างกายแต่ Martin Li ได้มอบพลังให้กับเขาจนเสียงในหัวหายไปทั้งหมด และใช้พลัง Symbiote ได้เหมือนเดิม MJ หลังจากวางสาย Peter ยังคงค้นหาตัว Harry จนไปพบว่า Venom อยู่ในแล็บใต้ดินของ Oscrop โดยมี Norman และ Dr.Connor อยู่ด้วย สิ่งที่เจ้า Venom ต้องการในตอนนี้ก็คือเศษอุกาบาตที่ Dr.Conor เก็บไว้ในแล็บ ตอนนี้ Venom เก็บไปได้ 2 ก้อนจากนั้นมันก็หนีออกไปจากแล็ป ยังไม่มีใครรู้ว่ามันจะเอาไปทำอะไร ทันใดนั้น Dr.Conor ก็เข้ามาบอกว่าทางเดียวที่จุดหยุด Venom ได้คือการฆ่าภาชนะ ซึ่งนั่นหมายถึงการฆ่า Harry แต่ Peter ไม่ยอมทำแบบนั้นเขาหวังว่ามันจะมีวิธีการอื่นที่ไม่ใช่การฆ่า และดูเหมือนว่า Norman จะไม่รู้เรื่องนี้
ตอนนี้ทั่วทั้งเมืองนิวยอร์กเต็มไปด้วย Symbiote ผู้คนในเมืองกลายเป็นสัตว์ประหลาดกันไปหมด ตอนนี้ Peter ทำได้แค่ช่วยผู้คนและตามหา Harry จากนั้น Miles ก็มาสมทบพร้อมกับชุดใหม่ของเขา ตอนนี้ Peter กลัวการที่จะต้องสูญเสียคนที่รักไปอีกครั้ง แล้วในครั้งนี่้มันก็อาจเป็น Harry เพื่อนรักของเขา Miles ก็พูดกลับไปว่าตอนที่อยู่ในหัว Peter เหตุการณ์ที่ป้าเมย์ตายไม่ใช่ความผิดของ Peter เลยสักนิด ป้าเมย์ก็แค่อยากจะช่วย Peter เมื่อพูดกันเสร็จจน Peter เริ่มรู้สึกดีขึ้นแล้ว ทั้งคู่ก็เริ่มแยกกันออกตามหา Harry โดย Peter จะตามหาอุกาบาต ส่วน Miles ก็ไล่กำจัดรังของพวก Symbiote ทางด้านของ Miles เริ่มต่อสู้ก่อนแต่เขาโดน Symbiote เข้าไปหัวของเขาแล้วหลอกล่อ Miles อยู่ ระหว่างนี้เขาก็เห็นภาพบางอย่างนั่นคือภาพที่ Hailey เพื่อนร่วมชั้นของ Miles กำลังโดนฝูง Symbiote โจมตีและอุกาบาตที่อยู่ในสถานีรถไฟใต้ดินแถว Harlem แต่ด้วยพลังของ Miles ก็ทำให้เขารอดออกมาได้และรีบแจ้ง Peter ถึงตำแหน่งของอุกาบาตทันที ส่วนตัวเขาจะไปรีบไปช่วย Hailey เมื่อช่วยได้สำเร็จ Miles รีบไปหา Peter ทันที
ในฉากนี้ Peter เขากำลังพุ่งเข้าไปหาอุกาบาตทันที รวมถึงปะทะกับฝูง Symbiote มากมาย เมื่อเข้าไปในสถานีรถไฟใต้ดิน Venom พยายามชวน Peter มารักษาโลกด้วยกันตามความฝันของ Harry อยู่ตลอดเวลา เมื่อ Peter มาถึงที่หมายก็ไม่พบกับอุกาบาตตามที่ Miles บอก ดูเหมือนว่า Miles จะโดน Venom หลอกเข้าให้แล้ว จู่ๆVenom โผล่ออกมาที่ด้านหลังของ Peter และแสดงเป้่าหมายของ Venom ให้ Peter ได้เห็นซึ่งเป้าหมายของมันก็คือการเปลี่ยนทุกคนในโลกเป็น Symbiote ด้วยพลังของอุกาบาตที่มันได้ไป และมันต้องการให้ Peter มาทำงานนี้ร่วมกับมัน จากนั้น Miles ก็ตามมาสมทบแล้วอัดพลังสายฟ้าไปที่ Venom จนมันกระเด็นออกไป แต่ Peter บอกให้ Miles ถอยก่อนเพราะที่นี่มีพวกมันเยอะเกินไป ทั้งคู่หนีออกมาได้
เมื่อ Peter รู้แล้วว่าอุกาบาตอยู่ไหน ทั้งสามคนนัดเจอกันเพื่อวางแผนที่บ้านของป้าเมย์ เมื่อมาถึงทุกคนกำลังทำความเข้าใจกับสถานการณอยู่ โดยเริ่มจากอุกาบาตอยู่ที่ Central Park และมันคือสิ่งที่เป็นเหมือนแหล่งพลังที่ใช้สร้างกองทัพและ Symbiote อุกาบาตไม่มีพลังจนกระทั่ง Venom ซ่อมมัน ทั้งหมดวางแผนกันว่าจะให้ Peter ล่อ Venom ออกไปและให้ Miles กับ MJ ไปเอาอุกาบาตออกมาโดย Miles จะเป็นตัวล่อฝูง Symbiote ที่เดินยั่้วเยี้ยเต็มไปหมด ส่วน mjเข้าไปเอาอุกาบาตข้างใน เมื่อได้อุกาบาตมาแล้วก็เอาไปทำลายโดยใช้เครื่องเร่งอนุภาคที่ EMF ทุกคนจะกลับมาเป็นปกติ
ทั้งสามคนเริ่มแผนการที่วางไว้แผนไปได้สวยตามที่วางไว้ Peter ล่อ Venom ไปที่อื่น Miles รับมือกับฝูง Symbiote และ MJ เข้าไปเอาอุกาบาต เมื่อแผนการทั้งสำเร็จตามที่วางเอาไว้ MJ กับ Miles ก็รีบไปที่ EMF ทันทีเมื่อไปถึง Venom ก็รีบมาหา Miles ทันทีพร้อมกับ Peter ที่อยู่ในสภาพยับเยินหลังต่อสู้กับ Venom เพื่อถ่วงเวลาให้กับ MJ Venom เข้าไปปะทะกับ Miles แต่ Miles ก็ทำได้แค่ถ่วงเวลาเท่านั้นเพื่อให้มีเวลามากพอที่จะทำลายอุกาบาต การต่อสู้พลิกไปพลิกมาจน Venom ได้อุกาบาตไป Peter กลับมาได้สติอีกครั้ง ทั้งสองไล่ตาม Venom ไปเพื่อแย่งอุกาบาต Miles สามารถแย่งมาได้และรีบไปที่เครื่องเร่งอนุภาค ส่วน Peter ก็รับมือกับ Venom Miles รีบนำอุกาบาตใส่เครื่องเร่งอนุภาค ระหว่างที่การต่อสู้กับ Venom ใกล้จบลง Harry เริ่มได้สติและได้ขอให้ Peter ฆ่าเขาทิ้งซะไม่งั้น Peter จะเป็นคนที่ถูกฆ่าซะเอง Peter ไม่มีทางเลือกเขาเลยทำตามที่ Harry ขอร้องส่วนอุกาบาตก็ถูกทำลายจนไม่เหลือชิ้นดี Symbiote ทั่วทั้งเมืองและผู้คนที่กลายร่างกลับมาเป็นปกติอีกครั้ง
เหมือน Peter ต้องเสียเพื่อนรักของเขาแบบเดียวกับที่เสียป้าเมย์ไป แต่ทันใดนั้นเอง Miles ก็ได้ใช้พลังของเขาทำให้หัวใจ Harry กลับมาเต้นอีกครั้ง เมื่อฟื้นขึ้นมาเขาก็สลบไปอีกครั้ง Peter รีบนำตัว Harry ไปโรงพยาบาล จากนั้น Norman ก็รีบมาดูอาการของลูกชายเขาทันที ซึ่งดูเหมือนว่าเขาจะไม่พอใจสไปเดอร์แมน ตอนนี้หมอแจ้งกับ Norman ว่า Harry สมองทำงานอยู่แต่โอกาสที่เขาจะฟื้นกลับมาน้อยมาก ๆ Norman บอกกับหมอแค่ทำให้ Harry มีชีวิตอยู่ก็พอแล้ว ทันใดนั้นเอง Norman ก็เริ่มหัวเสียแล้วเอาไม้เท้าทุบข้าวของจนพัง MJ กับ Peter ที่มาเฝ้า Harry ก็เดินออกไปทันที ดูเหมือนว่า Norman จะเสียใจมาก ๆ แล้วโทรสั่งให้ใครบางคนเตรียมสิ่งที่เรียกว่า G-Serum โดยเร็วที่สุด
เหตุการณ์ในเมืองกลับมาสงบสุขอีกครั้ง ตัดกลับมาที่บ้านของป้าเมย์ ทุกคนอยู่กันพร้อมหน้าพร้อมตา Peter เดินออกไปที่โรงเก็บของพร้อมกับโชว์บางอย่างให้ MJ ดูซึ่งมันก็คือ EMF นั่นเองแต่มีขนาดเล็กลง ทันใดนั้นที่โทรศัพท์ก็มีแจ้งเตือนขอความช่วยจากสไปเดอร์แมน ดูเหมือนว่า Peter มีบางอย่างที่ต้องบอกกับ Miles ดูเหมือนว่าเขาจะตื่นเต้นเลยพูดผิด ๆ ถูก ๆ แต่ Miles เข้าใจดีว่า Peter อยากพักการเป็นสไปเดอร์แมนและเป็น Peter Parker สักพักหนึ่ง
Norman เดินทางไปหา Octopus ที่เรือนจำ Raft พร้อมกับถามว่าเขารู้ใช่มั้ยว่า Spider-Man คือใครเพราะ Norman แค้นและเข้าใจว่า Spider-Man เป็นคนทำให้ Harry กลายเป็นแบบนี้ Norman ถามว่า Otto กำลังเขียนอะไรอยู่ otto ตอบกลับมาว่า “บทสุดท้าย” ดูเหมือนพวกเขากำลังมีแผนการบางอย่างที่จะแก้แค้นสไปเดอร์แมน เอนเครดิตอีกตัวเป็นฉากที่บ้านของ Miles ดูเหมือนว่าความสัมพันธ์ของเขากับ Hailey จะคืบหน้ามากขึ้น Rio มาแฟนใหม่มาเปิดตัวกับครอบครัว โดยชายคนนี้ชื่อว่า Albert Moon และมีลูกสาวติดมาด้วยคนนึงเธอชื่อว่า Cindy Moon เธอคือผู้มีพลังแมงมุม โดยเธอใช้ชื่อว่า Silk
